Over bewoners van de planeet Thundera die op zoek gaan naar een andere thuis doordat hun planeet onbewoonbaar werd.
Onderweg worden ze aangevallen door een stel gemene mutanten en hun ruimteschip is onherstelbaar verwoest. Jaga, de oudste Thundercat, die het ruimteschip bestuurt, offert zichzelf op om er zeker van te zijn dat het schip aankomt op de bestemming, Third Earth. De andere Thundercats, die zich van geen kwaad bewust zijn, liggen vredig te slapen in speciale tijdcapsules.
Eens aangekomen op de nieuwe planeet, Third Earth genaamd, merken ze een merkwaardige verandering op. Lion-O, die dezelfde leeftijd had als de Thunderkittens WillyKit en WillyKat, heeft in zijn tijdscapsule een warpveroudering gehad. Hij heeft zijn tienerjaren overgeslagen en is opeens volwassen! Hij neemt de leiding, zoals voorbestemd, bijgestaan door de Geest van Jaga, die waakt over de Thundercats. Lion-O wordt gesterkt door zijn machtige wapen: het Zwaard van Omen, met het Magische Oog van Thundera erin.
Ze bouwen Cat's Lair, hun hoofdkwartier, waar ze plannen beramen tegen de mutanten die hen gevolgd zijn en het Magische Oog van Thundera willen veroveren.
Helaas hebben de mutanten een nieuwe krachtige leider, Mumm-Ra, de Eeuwig-Levende Egyptische Mummie. Het is aan Lion-O en de rest van de Thundercats om de vrede op Third Earth te herstellen.