Jim Phelps en zijn team proberen in Praag een diskette met informatie van alle Amerikaanse spionnen uit handen van de vijand te houden. Het team bestaat uit Ethan Hunt, Phelps' vrouw Claire, Sarah Davies en een computerexpert. Het plan loopt echter in de soep en alle teamleden behalve Hunt en Claire worden vermoord. Hunt neemt contact op met de regering; deze vertelt hem dat hij van de moorden wordt verdacht. Het plan om de diskette met Amerikaanse spionnen te beschermen was namelijk bedacht door zijn baas om een verrader te vinden in het team. De teamleden die het er levend van af zouden brengen zouden dan de verrader zijn. Hunt maakt zich snel uit de voeten en vindt uiteindelijk zijn teamgenoot Claire, waarna ze samen op zoek gaan naar de echte verrader, die zich Job 3:14 noemt. Hunt besluit een deal te sluiten met een stel criminelen; hij steelt de lijst van alle Amerikaanse spionnen, en in ruil hiervoor krijgt hij de naam van de echte verrader. Er is echter een probleem, deze lijst staat op een computer in het zwaarbewaakte gebouw van de CIA.