Er is veertien jaar verstreken sinds Sabriël de boosaardige Kerrigor versloeg en hem verbande voorbij de Negende Poort van de Dood, en zo het Oude Koninkrijk redde van het Rijk van de Dood.
De jonge Lirael voelt zich niet gelukkig bij de Clayr, de gemeenschap van zieners die in de toekomst kunnen kijken. Op haar veertiende verjaardag is haar gave nog immer niet ontwaakt en ze overweegt de Clayr voorgoed te verlaten.
Dan krijgt ze werk aangeboden in de bibliotheek, een uitgestrekt labyrint gevuld met vele magische geheimen en wezens in ruimtes waar al millennialang niemand meer een voet gezet heeft. In de beschutte omgeving van de bibliotheek ontdekt Lirael dat ze over ongewone magische vaardigheden beschikt.