Geboren te Sydney, Nieuw-Zuid-Wales. John Anthony Flanagan was een Australische Fantasy schrijver. Studeerde af aan Waverley College met plannen om schrijver te worden. Toen hij opgroeide, veranderde hij van carrière en kreeg hij een baan bij een reclamebureau. Oorspronkelijk was hij van plan om copywriter in opleiding te worden, maar het bureau gaf hem in plaats daarvan de opdracht om een opleiding tot media-onderzoeker te volgen. Terwijl hij werkte als media-onderzoeker in opleiding, schreef hij een aanstootgevend gedicht gericht aan een van zijn senior executives. Uiteindelijk belandde het gedicht op het bureau van een van de directeuren van het bedrijf. Flanagan werd naar het kantoor van de directeur geroepen, waar hij Flanagans schrijfvaardigheid complimenteerde en hem de baan van copywriter in opleiding aanbood.
Na 20 jaar bij het reclamebureau te hebben gewerkt, betrad Flanagan de TV-industrie. Hij schreef onder meer de middeleeuwse Fantasy-serie De Grijze Jager en Broederband. Enkele van zijn andere werken zijn zijn Storm Peak- duologie, evenals de volwassen roman The Grey Raider. Hij begon zijn carrière in de reclamewereld en als co-auteur van het televisieprogramma Hey Dad!. Hij is een van de productiefste schrijvers van televisieprogramma’s in Australië.
Flanagan schreef het eerste boek in de serie De Grijze Jager om zijn twaalfjarige zoon Michael aan het lezen te krijgen. Hij wilde hem laten zien dat lezen leuk kan zijn en dat helden niet altijd groot en sterk hoeven te zijn.
Hij woonde in Sidney met zijn vrouw Leonie. Naast hun zoon, die een koffiehuis runt in Japan, hebben ze twee volwassen dochters, respectievelijk een komediante en een musicus, en vier kleinzonen. Hij beschreef zichzelf als een ruimdenkende christen.
Overleden, in het bijzijn van zijn vrouw en kinderen, aan de gevolgen van complicaties van non-Hodgkinlymfoom.