Geboren te Lokeren, Oost-Vlaanderen, Waasland. Ze werd geboren in een eenvoudig gezin. Haar vader maakte paardengarelen, haar moeder stierf toen ze drie was. Ze groeide op in een tijd waarin meisjes vooral werden opgevoed om later huismoeder te worden. Tijdens Wereldoorlog I verbleef het gezin in Nederland. Haar opleiding bij de zusters van O.L.Vrouw Presentatie eindigde dan ook toen ze vijftien jaar oud was. Yvonne Waegemans werd dan op eigen verzoek winkeldochter in een kruidenierszaak. Op haar 16 ging ze als boekhoudster werken in de haarsnijderij Hoedhaar te Lokeren. Zelfs tijdens het werk kon ze het niet laten om te schrijven. Genoot middelbaar onderwijs bij de zusters van O.L. Vrouw-Presentatie te Lokeren, daarna achtereenvolgens boekhoudster, studiemeesteres en 3 jaar bibliothecaresse Kabinet Minister van Elslande.
Al op jonge leeftijd was schrijven een passie voor Waegemans. Tijdens het interbellum was het genre van jeugdboeken nog vrijwel onbestaand. Zij werd een pionier. Waegemans was een zeer productieve schrijfster en liet een indrukwekkend oeuvre na van verhalen en toneelwerken, die in Vlaanderen duizenden lezers en opvoeringen hadden. Ze hield van kinderen maar bleef zelf kinderloos.
Haar eerste sprookjes verschenen in 1927. Naast verhalend proza schreef ze een 20-tal toneelstukken voor de jeugd, die samen meer dan 4000 opvoeringen beleefden.
Haar personnage Patjoepelke was een kabouter die, na een overstroming (van de Durme) bij de Krulbaardkabouters terechtkwam. Uiteindelijk keert hij terug naar de 'Molsbergen' (gebaseerd op het Molsbroek in Lokeren). Daar ontmoet Yvonne hem en vertelt hij haar zijn kabouterverhalen.
Waegemans was christelijk geïnspireerd maar behandelde later belangrijke thema's zoals abortus: haar verhaal Katelijne gaat over een jonge vrouw die zwanger wordt gemaakt door haar baas.
In Mortsel, waar zij begin van de jaren zeventig woonde, stichtte zij de kunstkring 'Sirkel'.
Ze behaalde verscheidene letterkundige prijzen, waaronder de vijfjaarlijkse Prijs van de Vlaamse Provincies. Zij ontving de Interprovinciale prijs voor het beste kinderboek, alsmede diverse onderscheidingen voor haar toneelwerk.
In de jaren tachtig werd ze minder populair. Ze was een product van het katholieke Vlaanderen wat als ouderwets werd beschouwd en minder aantrekkelijk. Ze werkte tot haar pensioen als ambtenaar op het ministerie van Cultuur.
Overleden te Wilrijk, Antwerpen. Op 29 maart 2009 vierde Lokeren haar 100ste verjaardag met een verschillende activiteiten, waaronder een tentoonstelling in de stedelijke openbare bibliotheek, een literaire wandeling en een sprookjesboom. Patjoepelke kreeg een bronzen standbeeld in het Molsbroek. In het bezoekerscentrum van het Molsbroek te Lokeren ging in 2017 ook een tentoonstelling door over Yvonne Waegemans. Haar nazaten waren ook aanwezig bij de opening van deze expositie