Geboren te Garmisch-Partenkirchen, Beieren. Michael Andreas Helmuth Ende was een Duitse schrijver van Fantasy en kinderfictie. Hij was de zoon en enig kind van de surrealistische schilder Edgar Ende en Luise Bartholomä Ende, een fysiotherapeut. De nazi's verboden zijn vader om te schilderen. In 1935, toen Michael zes was, verhuisde de familie Ende naar de "kunstenaarswijk van Schwabing " in München (Haase). Opgroeien in deze rijke artistieke en literaire omgeving heeft invloed gehad op het latere schrijven van Ende. In 1936 werd het werk van zijn vader "ontaard" verklaard en verboden door de nazi-partij, dus Edgar Ende werd gedwongen om in het geheim te werken. De verschrikkingen van de Tweede Wereldoorlog hebben Ende's jeugd sterk beïnvloed. Hij was twaalf jaar oud toen de eerste luchtaanval boven München plaatsvond. Hij was geschokt door de bomaanslag in Hamburg in 1943, die hij meemaakte tijdens een bezoek aan zijn oom van vaderskant. Bij de eerstvolgende gelegenheid zette zijn oom hem op een trein terug naar München. Daar bezocht Ende het Maximillians Gymnasium in München totdat de scholen werden gesloten toen de luchtaanvallen heviger werden en de leerlingen werden geëvacueerd.
Ende keerde terug naar Garmisch-Partenkirchen , waar hij werd ingekwartierd in een pension, Haus Kramerhof en later in Haus Roseneck. Daar werd zijn interesse voor poëzie gewekt. Naast het schrijven van zijn eigen poëzie, begon hij poëtische stromingen en stijlen te bestuderen. Veel moderne poëzie was destijds verboden, dus bestudeerde hij de romantische dichter Novalis, wiens Hymns to the Night een grote indruk op hem maakte. In 1944, de studio van Edgar Ende op nr. 90 Kaulbachstraße, München ging in vlammen op. Meer dan tweehonderdvijftig schilderijen en schetsen werden vernietigd, evenals al zijn prenten en etsen. Ernst Buchner , directeur openbare kunst voor Beieren, was nog in het bezit van een aantal schilderijen van Ende en overleefden de invallen. Na het bombardement werd Luise Ende verplaatst naar de wijk Solln in München. In 1945 werd Edgar Ende door de Amerikanen gevangengenomen en kort na de oorlog vrijgelaten. In 1945 werden Duitse jongeren vanaf veertien jaar opgeroepen voor de Volkssturm en ten strijde gestuurd tegen de oprukkende geallieerde legers. Drie klasgenoten van Michael Ende werden gedood op hun eerste actiedag. Ende werd ook opgeroepen, maar hij verscheurde zijn oproepingspapieren en sloot zich aan bij een Beierse verzetsbeweging die was opgericht om het verklaarde voornemen van de SS om München tot het "bittere einde" te verdedigen, te saboteren. Hij diende als koerier voor de groep voor de rest van de oorlog.
In 1946 heropende Michael Ende's gymnasium, en hij volgde een jaar lessen, waarna de financiële steun van familievrienden hem in staat stelde zijn middelbare schoolopleiding af te ronden aan een Waldorf School in Stuttgart. Dit schijnbaar liefdadige gebaar werd ingegeven door meer eigenbelang: Ende was verliefd geworden op een meisje dat drie jaar ouder was dan hij, en haar ouders financierden zijn verblijf van twee jaar in Stuttgart om het paar uit elkaar te houden. Het was in deze tijd dat hij voor het eerst verhalen begon te schrijven. Hij studeerde aan de Otto Faickenbergschool voor kleinkunst en acteerde sinds 1951 bij verschillende provinciale schouwburgen.
Op oudejaarsavond 1952 ontmoette Michael Ende de actrice Ingeborg Hoffmann tijdens een feestje met vrienden. Ze begonnen een relatie die leidde tot hun huwelijk in 1964 in Rome, Italië, en eindigde met de plotselinge en onverwachte dood van Ingeborg Hoffmann in 1985 aan een longembolie. Hoffmann heeft Ende diepgaand beïnvloed. Naast het helpen bij het publiceren van zijn eerste grote manuscript, werkte Hoffmann met hem samen aan zijn andere, las en besprak ze met hem.
Hoffman beïnvloedde Ende's leven ook op andere manieren. Ze moedigde Ende aan om lid te worden van de Humanistische Unie, een organisatie die zich inzet voor het bevorderen van humanistische waarden. Samen voerden ze campagne voor mensenrechten, protesteerden ze tegen herbewapening en werkten ze aan vrede. In 1954 vestigde hij zich weer in München waar hij als zelfstandig auteur werkzaam was.
Ende schreef proza, toneelstukken, liedjes, filmscripts en kritieken. Voor zijn eerste jeugdfilm Joop Knoop en Lucas de machinist kreeg hij in 1961 de Duitse jeugdboekenprijs.
Veertien jaar lang woonden Ende en Hoffmann, die grote bewondering hadden voor de Italiaanse cultuur, net buiten Rome in Genzano, Italië, in een huis dat ze Casa Liocorno ("De Eenhoorn") noemden. Het was daar dat Ende het grootste deel van de roman Momo en de tijdspaarders schreef. Na de dood van zijn vrouw verkocht Ende het huis in Genzano en keerde terug naar München. Voor Momo en de tijdspaarders ontving hij in 1974 eveneens de Duitse Jeugdboekenprijs.
In 1980 kreeg hij de Grote Prijs van de Duitse Academie voor Kinder-en Jeugdliteratuur en in 1990 werd hij in Duitsland uitgeroepen tot auteur van het jaar.
Van 1971 tot zijn overlijden woonde Ende in Costelli bij Rome. Hij trouwde een tweede keer in 1989, de Japanse vrouw Mariko Sato, en ze bleven getrouwd tot aan zijn dood.
In juni 1994 werd Ende gediagnosticeerd met maagkanker. In de komende maanden onderging hij diverse behandelingen, maar de ziekte was ver gevorderd. De volgende maanden onderging hij verschillende behandelingen, maar de ziekte vorderde. Overleden te Filderstadt-Bonlanden, Baden-Württemberg aan de gevolgen daarvan.