Geboren te Mühldorf am Inn, Beieren. Margit Auer is een Duitse journalist en schrijver wiens kinderromans in meer dan 20 talen zijn vertaald met een totale oplage van 3 miljoen. Margit groeide op in Waldkraiburg met twee oudere broers. Studeerde in 1986 af aan het Ruperti-Gymnasium in Mühldorf en voltooide haar studie in Eichstätt in 1992 als gediplomeerd journalist. Auer werkte vervolgens als redacteur en verslaggever voor verschillende dagbladen in Beieren. In 1997 opende ze een redactiekantoor. Ze schreef onder meer voor de Süddeutsche Zeitung en het Duitse persbureau.
Na de geboorte van haar kinderen begon Auer kinderboeken te schrijven. Haar eerste boek heette Verschwörung am Limes en verscheen in 2010. De serie Die Schule der magischen Tiere begon in 2013 met de twee titels Die Schule der magischen Tiere en Die Schule der magischen Tiere: Voller Löcher!. Deel 1 belandde meteen op de bestsellerlijst voor kinderen van Spiegel. De daaropvolgende volumes bereikten ook topposities op bestsellerlijsten. De totale oplage van de serie is meer dan 2,5 miljoen verkochte exemplaren.
Voor de Reading Foundation creëerde de auteur een speciale editie van het eerste deel voor beginnende lezers als onderdeel van de campagne "Voorlezen - Drie mijlpalen voor lezen". Deze titel werd in een oplage van 450.000 verdeeld onder schoolklassen in Berlijn, Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern, Saksen, Saksen-Anhalt en Thüringen.
In 2018 werd ze benoemd tot lid van de torenbediende in München. In maart 2019 ontving ze de Kinderboekenprijs Heidelberger Leander 2019.
Van november 2019 tot 2023 werkte Margit Auer als wekelijkse columnist voor het "Family Trio" van de Süddeutsche Zeitung, waar ze samen met Collien Ulmen-Fernandes en Herbert Renz-Polster vragen over opvoeding beantwoordt.
Margit Auer is getrouwd met de journalist en misdaadschrijver Richard Auer. Het echtpaar heeft drie zonen.