Geboren te Roermond. Hij volgde in zijn geboortestad Roermond aan het Bisschoppelijk College het gymnasium. Na zijn baccalaureaat in de wijsbegeerte en psychologie studeerde hij filosofie en theologie aan de universiteit van Fribourg (1919-1920) en deed daarna zijn intrede bij de franciscanen te Alverna (Wijchen). Hij nam de kloosternaam Bonfilius aan. In 1929 begon Knipping zijn studie in de kunstgeschiedenis. Eerst aan de Rijksuniversiteit te Utrecht en later aan de R.K. Universiteit van Nijmegen waar hij in 1939 cum laude promoveerde op de uitgebreide en rijk gedocumenteerde dissertatie De iconografie van de Contrareformatie in de Nederlanden. Tijdens de oorlogsjaren bleef Knipping woonachtig in het studiehuis van zijn orde aan de Vermeerstraat te Nijmegen. Hij schreef een aantal boeken en artikelen. In 1948 was hij medeoprichter van het Nederlands Filminstituut en in de jaren vijftig gaf hij aan de onderafdeling Filmacademie scenario en draaiboek. Een tijd was hij docent aan de Opleiding Tekenleraren te Amsterdam aan de Kunstnijverheidsschool (thans de Rietveld-academie), terwijl hij ook zitting had in het curatorium van de Stichting Gaudeamus, welke tot doel heeft hedendaagse muziek te bevorderen. Tijdens de jaren zestig trad hij uit de orde der franciscanen en vond John in zijn vrouw Ans Schuurmans niet alleen een begrijpende en trouwe kameraad, maar ook een kundige hulp en klankbord wat betreft zijn werk. 12 januari 1959 verhuisde hij naar de Adelaarsweg 14 in Amsterdam Noord waar hij tot zijn dood met Ans woonde. Van 1967 tot 1969 was hij ‘visiting professor’ aan de Florida State University te Tallahassee (zie Paul Mercken) en gaf daarenboven lezingen aan de Cambridge University te Boston en aan de universiteit van Northampton. Terug in Amsterdam toen hij zijn Heaven on Earth, onder welke naam John B. Knipping zijn Iconografie van de Contrareformatie in de Nederlanden had over gedoopt, net had voltooid, begaf zijn gezondheid het. Op een morgen voor zijn schrijfbureau gezeten, kreeg hij plotseling een hersenbloeding. Overleden te Amsterdam.