Geboren te Genk, Belgisch-Limburg. Stefan Brijs is een Vlaams schrijver. Brijs woonde jarenlang in zijn geboorteplaats en ging daar ook naar school. In 1990 studeerde hij af als onderwijzer en begon als opvoeder aan zijn vroegere middelbare school, het Sint-Jozefinstituut te Bokrijk, Genk te werken.
Sinds 1997 schrijft Stefan Brijs romans en essays, en artikelen en recensies voor onder meer de boekenbijlagen van De Morgen en De Standaard. Begin 2003 verruilde hij Genk voor Koningshooikt, een deelgemeente van Lier. Sinds 1999 schrijft Brijs voluit.
Stefan Brijs debuteerde in 1997 met De verwording, een magisch-realistische roman. Na zijn debuut zwierf Brijs over Vlaamse begraafplaatsen, op zoek naar de resten van zijn literaire voorgangers, onder wie Gustaaf Vermeersch, Richard Minne, Maurice Gilliams en Karel van de Woestijne. Zijn queesten beschreef hij in Kruistochten, dat in 1998 verscheen. Deze essays kregen een vervolg in De vergeethoek, een serie literaire portretten van vergeten Vlaamse schrijvers. In 2003 verhuisde hij naar Antwerpen.
In oktober 2005 verscheen zijn nieuwe roman De engelenmaker, waarvan de vertaalrechten intussen zijn verkocht aan 15 landen. Het boek ging intussen in Vlaanderen en Nederland al meer dan 200.000 keer over de toonbank. Dit boek werd genomineerd voor de Libris Literatuurprijs, de AKO Literatuurprijs en de vakjuryprijs van de Gouden Uil, en won de lezersjuryprijs van de Gouden Uil. In 2010 kreeg de Franse vertaling Le Faiseur d’anges de Prix des Lecteurs Cognac, een jaar later won het boek de Euregio-Schüler-Literaturpreis, toegekend door scholieren uit België, Nederland en Duitsland. In 2019 verscheen de 50ste druk en werd de roman gekozen als het meest gewaardeerde boek op de leeslijst van havo en vwo examenkandidaten.
In 2017 publiceerde hij Andalusisch logboek, een anekdotische neerslag van de tochten die hij in 2016 ondernam door Andalusië waar hij sinds 2014 woont. In mei 2020 verscheen het vervolg daarop, Berichten uit de vallei, waarin Brijs zich vier seizoenen lang concentreert op de natuur in het zuiden van Spanje.