Geboren te Winnipeg, Manitoba. Jon Klassen is een Canadese schrijver en illustrator van kinderboeken en een animator. Groeide op in Niagara Falls, waar Klassen zijn middelbareschooldiploma haalde, en Toronto, Ontario. Zijn vader werkte voor de provinciale overheid, zijn moeder was "erg artistiek", maar haar voornaamste bezigheid was het opvoeden van Jon en zijn twee broers. Studeerde animatie aan het Sheridan College, studeerde af in 2005 en verhuisde naar Los Angeles om een carrière in setontwerp en conceptanimatie na te streven.
In 2005 maakte hij een korte animatiefilm met Daniel Rodrigues, An Eye for Annai. Hij werkte aan de animatie van de speelfilms Kung Fu Panda (2008) en Coraline (2009) en hij was art director voor de geanimeerde videoclip uit 2009 van I'll Go Crazy If I Don't Go Crazy Tonight van U2.
In 2010 kreeg Klassen internationale erkenning toen hij de Governor General's Award voor Engelstalige kinderillustraties kreeg voor zijn werk aan het prentenboek Cats' Night Out geschreven door Carolyn Stutson. Hij illustreerde ook The Mysterious Howling van Maryrose Wood, de eerste roman in een HarperCollins-serie genaamd The Incorrigible Children of Ashton Place, samen met de tweede en derde, en de eerste editie hardcover van de vierde roman in de serie.
Zijn eerste soloprentenboek was I Want My Hat Back, uitgegeven door Candlewick Press in september 2011. Het gaat over een beer die op zoek is naar zijn hoed, die hem uiteindelijk vindt en vervolgens buiten de pagina het konijn opeet dat hem heeft gestolen. The New York Times Book Review noemde het een van de "10 Best Illustrated Children's Books for 2011". Het boek werd in september uitgegeven door Candlewick Press. Klassen zei over het einde, dat een "subversief risico" is genoemd, dat "er geen andere manier was waarop het kon eindigen". Het boek werd aanzienlijk commercieel succes en werd zelfs een internetmeme toen mensen "hun eigen versies van het verhaal begonnen te posten". Het was een runner-up voor de American Geisel Award (boeken voor beginnende lezers) en stond op de Greenaway-shortlist. Klassen wijzigde het verhaal een jaar later in een begeleidend boek, This Is Not My Hat (Candlewick, 2012). Het gaat over een kleine vis die steelt en de hoed van een grote vis draagt, die de kleine vis ontwijkt tot de laatste pagina's. Uiteindelijk zwemt de grote vis terug het boek in, met de hoed op, zonder enig teken van de dief. Deze won de Caldecott en Greenaway Medals, respectievelijk van de Amerikaanse en Britse professionele bibliothecarissen.
Klassen illustreerde The Dark (2013), geschreven door Lemony Snicket, dat op de shortlist van acht boeken voor de Greenaway Medal stond, samen met This Is Not My Hat. In 2014 werkte hij opnieuw samen met Mac Barnett aan een prentenboek uitgegeven door Candlewick, Sam en Dave Dig a Hole. Het door Jon geïllustreerde Vol met wol (geschreven door Mac Barnett) heeft twee belangrijke Amerikaanse prijzen gewonnen.
Van zijn boeken zijn wereldwijd al meer dan een miljoen exemplaren verkocht en zijn werk is in meer dan twintig talen vertaald.
Jon woont momenteel samen met zijn vrouw Moranne Keeler en twee kinderen in Los Angeles.