Geboren in Winckley Street, Preston, Lancashire. Zijn vader Charles was een arts die zich tot het rooms-katholicisme had bekeerd, in navolging van zijn broer Edward Healy Thompson, die bevriend was met kardinaal Manning. Edward Healy Thompson en zijn oom John Costall Thompson waren beide auteurs. Op elfjarige leeftijd werd hij naar Ushaw College, een katholiek seminarie in de buurt van Durham, gestuurd. Op deze school begon hij met schrijven en behaalde vaak de eerste plaats in de essays die hij moest schrijven voor zijnn examens. Hij studeerde genesskunde aan de Owens College (nu de universiteit van Manchester), maar niet van harte. Hij was toen al meer geïnteresserd in het schrijven van poëzie.
Na het afronden van zijn studie geneeskunde wilde hij in dienst, maar werd afgekeurd door zijn geringe lengte. In 1885 vluchte hij berooid naar Londen waar hij probeerde te leven als schrijver, terwijl allerlei baantjes uitvoerde, zoals schoenmaker, boekverkoper. Gedurende deze tijd raakte hij verslaafd aan opium en raakte aan lager wal en dacht na over zelfmoord. Nadat hij dakloos is geweest neemt een naamloze prostituee hem in huis. Na drie jaar in 1888 wordt hij ontdekt nadat een een verhaal heeft gestuurd naar het tijdschrift Merrie England. De redacteuren, Wilfrid en Alice Meynell, namen hem in huis en, bezorgd over zijn opiumverslaving, die op zijn hoogtepunt was na zijn jaren op straat, stuurden hem voor een paar jaar naar de Our Lady of England Priory, Storrington om af te kicken. Hij kickte niet geheel af, maar bleef kliene hoveelheden opium gebruiken. Zijn productiefste jaren als schrijver waren van 1988 tot 1897, waar zijn eerste boek vol met proza en poëzie, Poems, verscheen in 1893. Hij stierf aan tuberculose op 47-jarige leeftijd, in het ziekenhuis van St. John en St. Elizabeth, en werd begraven op de rooms-katholieke begraafplaats St. Mary's in Kensal Green,