Geboren te Boston, Massachusetts. Judith Josephine Grossman was een Amerikaanse en vervolgens Canadese sciencefictionschrijver, redacteur en politiek activist, en een van de eerste vrouwen die op grote schaal bekend werd invloedrijk in die rollen. Ze was de dochter van Ethel en Samuel (Shlomo) Grossman, die joods waren. Haar vader stierf in 1929 door zelfmoord , kort nadat ze naar school ging. In 1936 vond haar moeder een baan bij het gemeenschapscentrum Bronx House en verhuisde het gezin naar de wijk Bronx in New York City. Halverwege haar tienerjaren streefde Merril naar het zionisme en het marxisme. Volgens de inleiding van Virginia Kidd in The Best of Judith Merril was Ethel Grossman een suffragette , oprichter van de zionistische vrouwenorganisatie Hadassah en "een bevrijde vrouw die bij elke stap gefrustreerd was door de wereld waarin ze zich bevond. zichzelf gevonden".
In 1939 studeerde Judith op 16-jarige leeftijd af aan de Morris High School in de Bronx en heroverwoog haar politiek onder invloed van het Molotov-Ribbentrop-pact (23 augustus), waarbij ze overging op een trotskistische kijk. Het jaar daarop trouwde ze met Dan Zissman, nog geen vier maanden na een relatie die begon toen ze elkaar ontmoetten tijdens een trotskistische picknick op 4 juli in Central Park . Hun dochter Merril Zissman werd geboren in december 1942. In deze periode werd ze ook een van de weinige vrouwelijke leden van de in New York City gevestigde groep sciencefictionschrijvers, redacteuren, kunstenaars en fans, de Futurians, waartoe ook Kornbluth. De Zissmans gingen rond 1945 uit elkaar; in 1946 ging Frederik Pohl, een andere Futuriaan, bij haar wonen. Nadat haar scheiding van Zissman in 1948 definitief werd, trouwde ze op 25 november met Pohl; ze scheidden in 1952.
Judith Merril begon professioneel te schrijven, vooral korte verhalen over sport, vanaf 1945, voordat ze in 1948 haar eerste sciencefictionverhaal, That Only a Mother, publiceerde. Haar roman Shadow on the Hearth (1950) uit de Tweede Wereldoorlog onderzoekt soortgelijke thema's en werd voor televisie aangepast als Atomic Attack. Een aantal, maar lang niet alle, van haar bijdragen waren bestemd voor tijdschriften die werden uitgegeven door mede-ex-Futurianen. Ze was in deze periode medeoprichter van de Hydra Club. Haar verhaal Dead Center ( F&SF , november 1954) is een van de slechts twee verhalen uit welk Sciencefiction- of Fantasytijdschrift dan ook voor de Best American Short Stories- bundels, uitgegeven door Martha Foley in de jaren vijftig.
Haar tweede kind Ann Pohl werd geboren in 1950; zij en Pohl gingen in 1952 uit elkaar en hun scheiding werd het jaar daarop afgerond, waarin ze ook zes maanden bij Walter M. Miller woonde. Haar derde huwelijk kwam in 1960, ging in 1963 over in een scheiding, maar bereikte nooit een definitieve scheiding. De dochter van Ann Pohl, Merril's kleindochter Emily Pohl-Weary, schrijft fictie voor jonge volwassenen, waaronder sciencefiction, en is hoogleraar creatief schrijven aan de Universiteit van British Columbia. Ze was ook co-auteur van Merrils biografie na diens dood, waarbij ze gebruik maakte van haar concepten, aantekeningen en brieven.
Merril begon in 1950 met het redigeren van bloemlezingen van sciencefiction-korte verhalen - vooral een populaire Year's Best-verhalenbundelreeks die liep van 1956 tot 1967 - en publiceerde haar laatste in 1985. In haar redactionele inleidingen, lezingen en andere geschriften betoogde ze actief dat sciencefiction mag niet langer geïsoleerd worden, maar onderdeel worden van de literaire mainstream. Ze speelde van 1965 tot 1969 ook een belangrijke rol als boekenredacteur voor The Magazine of Fantasy and Science Fiction (F&SF).
Merril was een van degenen die in 1968 een advertentie tegen de Vietnamoorlog in Galaxy Science Fiction ondertekenden. Eind jaren zestig verhuisde Merril naar Toronto, Ontario, Canada, daarbij verwijzend naar wat zij de ondemocratische onderdrukking van activiteiten tegen de Vietnamoorlog door de Amerikaanse regering noemde. Ze was een van de oprichters van Rochdale College, een experiment in door studenten geleid onderwijs en coöperatief leven, dat sterk deel uitmaakte van de tijdsgeest van die tijd. Bij Rochdale was ze de "Resource Person on Writing and Publishing" met haar uitgebreide persoonlijke collectie boeken en ongepubliceerde manuscripten.
In 1970 begon ze een schenking aan de Toronto Public Library voor de verzameling van alle sciencefiction die in de Engelse taal is gepubliceerd. Ze schonk alle boeken en tijdschriften die ze in haar bezit had aan de bibliotheek, die de "Spaced Out Library" (haar term) oprichtte met Merril in een niet-administratieve rol als curator. De bibliotheek beschikt vanaf het begin over een eigen fysieke ruimte. Tijdens haar laatste decennium werd het omgedoopt tot de Merril Collection of Science Fiction, Speculation, and Fantasy. Ze ontving een kleine jaarlijkse toelage als curator en toen ze geld tekort kwam, woonde ze in haar kantoor in de bibliotheek, slapend op een bedje.
Begin jaren tachtig schonk Merril haar omvangrijke verzameling correspondentie, ongepubliceerde manuscripten en Japans sciencefictionmateriaal aan het Nationaal Archief van Canada – uiteindelijk het Judith Merril Fonds. Vanaf het midden van de jaren zeventig tot aan haar dood bracht Merril veel tijd door in de Canadese vredesbeweging, waaronder reizen naar Ottawa verkleed als heks om het Parlement te bedriegen omdat het Amerikaanse kruisrakettenproeven boven Canada had toegestaan.
Merrils persoonlijke boekencollectie, die ze schonk aan de openbare bibliotheken van Toronto, vormde de kiem van de Merril Collection of Science Fiction, Speculation and Fantasy, een belangrijk archief van speculatieve werken. Haar postuum gepubliceerde autobiografie, Better to Have Loved (2003), verdiende een Hugo Award voor het beste gerelateerde boek. De Science Fiction and Fantasy of America (hernoemd tot SFWA) maakten Merril tot emeritus auteur voor 1997 en de Science Fiction and Fantasy Hall of Fame introduceerde haar in 2013.
Ter overweging van haar dood liet ze een aanzienlijke som geld achter voor een feestelijk/herdenkingsfeest in de Bamboo Club in Toronto. Als georganiseerde redacteur tot het einde stelde ze gedetailleerde lijsten op van wie wie moest bellen als ze uiteindelijk stierf. Overleden te Toronto, Ontario.