Geboren te Gent, Oost-Vlaanderen. Herman Thiery was een Vlaams hoofdbibliothecaris van de stad Gent en schrijver , dichter, prozaïst en schrijver van toneelstukken, hoorspelen en essays. Hij was langs vaderszijde afkomstig uit een oud Frans adellijk geslacht uit het departement Aisne, vandaar zijn pseudoniem d'Aisne of Daisne. Zijn vader Leo Michel Thiery was onderwijzer, en stichter van het Schoolmuseum in Gent. Zijn moeder Augusta de Taeye was lerares aan de Stedelijke Meisjesnormaalschool, en later Rijksinspectrice van het onderwijs. Hij had nog twee broers. Studeerde economie aan de Rijksuniversiteit van Gent. Promoveerde in 1936 op een proefschrift over staathuishoudkunde. Hij had toen reeds communistische sympathieën en interesseerde zich voor Rusland. Hij studeerde daarom ook Slavische talen. Debuteerde met Verzen (1935).
In 1935 maakte hij deel uit van een wetenschappelijke zending naar de USSR, samen met de Nobelprijswinnaar Jules Bordet en de schrijver August Vermeylen. Hij publiceerde hierover een reportage in de socialistische krant Vooruit onder de titel Stof op het Kremlin, waarin hij zijn sympathie uitspreekt voor het Russische volk en hun nieuwe maatschappij.
In 1935-1936 verrichtte hij zijn legerdienst als soldaat bij de artillerie. In 1936 promoveerde hij tot doctor in de handelswetenschappen op een thesis over staatshuishouding. Verhuisde naar Schaarbeek en woonde daar tussen 1936 en 1944 in een klein pensionkamertje. In 1936 werd hij tot parttime leraar Duits benoemd aan de Gentse Stedelijke Normaalschool voor Onderwijzeressen in de Wispelbergstraat. In 1939 werd hij opnieuw onder de wapens geroepen. Gedurende de Achttiendaagse Veldtocht bij de Duitse inval in mei 1940 vocht hij als verbindingsofficier.
Na de capitulatie van het Belgisch leger vertrok hij naar Carcassonne in Frankrijk. Hij verwerkte deze periode in zijn dichtbundel Het einde van een zomer. Legerverzen uit de mobilisatie (1940). Keerde terug naar België en sloot zich aan bij de weerstandsorganisatie Onafhankelijkheidsfront. Trad op als koerier en verspreidde vlugschriften en clandestiene bladen. Hij sloot zich in 1944 aan bij de Kommunistische Partij van België en bleef lid tot 1946.
In 1943 schreef hij een toneelstuk De charade van Advent, maar de opvoering werd door de Duitsers verboden. Na de bevrijding in 1944 moest hij terug naar het leger als luitenant bij het Krijgsauditoraat, maar werd kort daarop gedemobiliseerd.
Huwde op 18 november 1944 met Polly van Dyck. In oktober 1945 verhuisde hij terug naar Gent, naar zijn voorgaand adres aan de Groot-Brittanniëlaan nr. 6, het ouderlijk huis, ontworpen door zijn vader. In 1945 werd hij benoemd tot hoofdbibliothecaris en vervolgens directeur van de Gentse Openbare Stadsbibliotheek aan de Ottogracht (tot 1977). In 1967 werd hij lid van de Koninklijke Vlaamse Academie voor Taal- en Letterkunde als opvolger van Herman Teirlinck. Hij werd tevens lid van de Association des Ecrivains belges. In september 1946 publiceerde hij in het verzetsblad Front, blad van de weerstand en democratie een In memoriam Robert Mussche (pseudoniem van Rudo Reyniers, 1912-1945) over zijn vriend, schrijver en leidend lid van het Onafhankelijkheidsfront.
Zijn oudste dochter Frédérique, stierf in 1946. Zij was nauwelijks drie maanden oud. Johan Daisne was een erg gevoelig man en dit verlies heeft hem sterk geraakt. Hij probeerde de pijn te verwerken in verschillende boeken, onder andere in de dichtbundel Ikonakind (1946). In 1947 werd zijn zoon Evert geboren. Uiteindelijk strandde zijn huwelijk.
Zijn sympathie voor het communisme bekoelde sterk door de, zo hij het noemde, 'dialectische wartaal' van het Internationaal Vredescongres van Intellectuelen in Wrocław (Polen) in augustus 1948. Hij besloot dat het communisme dogmatisch en autoritair optrad en brak met het communisme in oktober 1948. Een hoogtepunt in zijn werk is De trein der traagheid (eerst opgenomen in de bundel verhalen Met dertien aan tafel in 1950, afzonderlijk verschenen in 1963), verfilmd door André Delvaux onder de titel Un soir un train.
Toen zijn vader stierf in 1951 werd Johan Daisne depressief en werd hij ziek. Zijn roman De Prins van de Libanon was een vaderroman, maar hij wilde hem niet publiceren omdat het verdriet nog te groot was. Hij hertrouwde in 1957 met Marthe Kinaupenne.
Johan Daisne is, samen met Hubert Lampo, een belangrijk vertegenwoordiger van het magisch realisme in Vlaanderen. Zijn literaire werk stond in het teken van het magisch realisme, een genre dat vooral in Zuid-Amerika beoefend wordt, en waarin werkelijkheid en droom een onlosmakelijke eenheid vormen. Als gepassioneerd filmliefhebber stelde Daisne ook een viertalig Filmografisch lexicon der wereldliteratuur (1971-1978) samen.
Overleden te Gent, Oost-Vlaanderen. Na crematie werd zijn as uitgestrooid, maar zijn naam staat ook vermeld naast die van zijn vader op diens graf op de Westerbegraafplaats in Gent.
De Koninklijke Academie voor Nederlandse Taal- en Letterkunde herdacht op 24 augustus 2003 Johan Daisne met een studiedag en een academische zitting.