Alle vertrouwde personages uit deel één keren terug. Ditmaal is de plaats van handeling echter Rusland, en is de voornaamste opponent de Russische Mafiya, die de vader van Artemis heeft ontvoerd. Op het moment dat Artemis en zijn bodyguard Butler zich gereed maken om naar het koude noorden af te reizen, worden ze echter zelf ontvoerd, en wel door een oude bekende: elFBI kapitein Holly Short. De elfen willen dat crimineel meesterbrein Artemis Fowl hen bijstaat in hun strijd tegen de kobolds, die voor hun wapenarsenaal door een Moddermens van batterijen worden voorzien. Artemis stemt in, op voorwaarde dat de elfen hem naar Rusland brengen.