De immer vindingrijke, jonge meestercrimineel Artemis Fowl ontdekt een manier om middels van de elfen gestolen technologie een supercomputer te bouwen, de zogenaamde 'Zie-Kubus', die alle aardse computers overbodig maakt. Artemis gaat in zee met een zakenman uit Chicago, Jon Spiro, met wie hij de computer wil ruilen voor goud - zijn favoriete substantie. Maar de ontmoeting blijkt een valstrik: Spiro gaat er met de Zie-Kubus vandoor en verwondt Artemis' bodyguard Butler. Om de in levensgevaar verkerende Butler te redden ziet Artemis zich gedwongen de hulp in te roepen van zijn oude rivaal Holly Short. Op miraculeuze wijze wordt het leven van Butler gered, maar er is een probleem: Butler is opeens vijftien jaar ouder geworden. Daarom wordt Butler's zusje Juliet gerecruteerd als tijdelijke bodyguard, en reizen ze samen af naar Chicago om de Zie-Kubus terug te stelen - en om definitief af te rekenen met Spiro...