De familie Holgersson woont in Skåne in het uiterste zuiden van Zweden op een kleine boerderij. Daar groeit hun enige zoon Nils op. Nils is niet zo vriendelijk voor de dieren thuis, hij houdt er van om ze te plagen en te sarren. Als hij op een dag een kabouter vangt en weigert die weer vrij te laten, spreekt de boze kabouter een betovering uit over Nils. Hij wordt zo klein als een duim. In de tekenfilm heeft Nils ook een hamster, Kruimel, die ook wordt verkleind. Nils smeekt de kabouter om hem weer groot te maken, maar de kabouter verdwijnt zonder een spoor na te laten.
Meteen krijgt Nils het aan de stok met de dieren van de boerderij die hem allemaal uitlachen en dreigen om hém nu eens te pesten. Nils is verwonderd dat hij de dieren begrijpt en hij vraagt bang aan Kruimel een goed woordje te doen. Kruimel probeert dit dan ook, al is het wel met tegenzin, maar de dieren luisteren niet naar hem. Nils moet zich verstoppen en net op dat moment vliegt een groep wilde ganzen over de boerderij.
Ze roepen de dieren toe om mee te vliegen naar warmere oorden en vrij te zijn! De meeste dieren voelen er echter niets voor om hun gezellig leventje op te geven. Alleen Maarten, de witte ganzerik, wil wel mee. Hij probeert te vliegen maar het lukt hem niet, tot groot jolijt van de wilde ganzen. Maarten besluit niet op te geven en hij probeert het een laatste keer.
Net op dat moment valt de emmer om waar Nils onder verstopt zat en de dieren beginnen een wilde achtervolging. Nils kan zich nog net vastgrijpen aan het touw dat rond de nek van Maarten hangt. Maarten heeft moeite om de wilde ganzen bij te houden. Hij heeft nooit echt leren vliegen en bovendien zitten Nils en Kruimel op zijn rug.
Het drietal krijgt de toestemming van Akka van Kebnekajse, de leidster van de ganzengroep, om mee te vliegen, nadat Nils de gans Yksi gered heeft uit de klauwen van Smirre de vos.
Zo begint hun tocht met de wilde ganzen naar Lapland, een reis vol spannende avonturen, ontmoetingen, gevaar en bovenal wijze levenslessen.