De fantasy-traditie getrouw is 'De laatste eenhoorn' het verhaal van het zoeken, het speuren door de eenhoorn - onsterfelijk en oneindig schoon - naar haar verloren gelijken. Zij wordt bijgestaan in haar zending door Schmendrick de tovenaar, een soort armeluis Merlijn, wiens toewijding voor het gracieuze schepsel dat hij volgt, slechts wordt overtroffen door zijn middelmatigheid in toverkunst. Een derde reiziger, de onstuimige, getrouwe Molly Grue, probeert enige schijn van orde en feitelijkheid in het leven van haar twee dolle pupillen aan te brengen.