Heer der Wolven is het verhaal van de jonge en knappe Joanna die in het sobere en puriteinse Ierland van na de Apocalyps dreigt te worden uitgehuwelijkt aan de varkenshoeder Muldooney. Gedreven door het schrikbeeld van dit vooruitzicht aarzelt Joanna geen ogenblik en vlucht, de verboden Gloeilanden in.
Nagezeten door haar vader en de varkenshoeder, en achtervolgd door haar minnaar, Flynn, die wordt vergezeld door Portan uit het Huis der Mutanten en zijn vriend Amairgen, een Hoeder, belandt Joanna via een scheur in het Tijdgordijn in het mythologische Ierland van weleer. Daar heeft de adel nog warm dierenbloed in de aderen en is Cormac, heer der wolven, de rechtmatige koning van de Wolfslijn, in een dodelijke strijd verwikkeld met koningin Mab de Bedwelmende, die ooit zijn geliefde was. Haar sullige zoon Eochaid, met leeuwebloed, zit ten onrechte op de troon van Tara en bovendien wordt Mab bijgestaan door akelig sterke krachten uit het Donkere Ierland, zoals de Erlkoning en zijn lugubere helpsters: Morrigan, Macha en Blaaskraai.
Maar ook Cormac, die door Joanna wordt bevrijd uit de Burcht der Schaduwen, staat niet alleen. De meeste bloedlijnen - zoals de strijdrossen, de adelaars en de panters - zijn hem trouw.