Diep in de wildernis van Kongo, vlak bij de legendarische ruïnes van de vergeten stad Zinj, sterft een expeditie van acht personen onder zeer mysterieuze omstandigheden. Zestienduizend kilometer verderop, in Houston, bekijkt de jonge wetenschapper Karen Ross de gruwelijke satellietbeelden van het vernielde kamp. Plotseling verschijnt er een vaag, donker wezen voor de camera. Iets dat het midden houdt tussen een gorilla en een man. Samen met de vooraanstaande apenkenner Peter Elliot en zijn aap Amy vertrekt Karen naar Kongo. Naar een wereld waar de mens de bedreigde diersoort is.