De familie Holgersson woont in Skåne in het uiterste zuiden van Zweden op een kleine boerderij. Daar groeit hun enige zoon Nils op. Nils is niet zo vriendelijk voor de dieren thuis, hij houdt er van om ze te plagen en te sarren. Als hij op een dag een kabouter vangt en weigert die weer vrij te laten, spreekt de boze kabouter een betovering uit over Nils. Hij wordt zo klein als een duim. In de tekenfilm heeft Nils ook een hamster, Kruimel, die ook wordt verkleind. Nils smeekt de kabouter om hem weer groot te maken, maar de kabouter verdwijnt zonder een spoor na te laten.