De vijftienjarige Atrus wordt meegenomen door zijn vader Gehn naar het mysterieuze Dunny, een land vol doolhoven, geheime kamers en tunnels. Gehn vermoedt dat Atrus de gave bezit nieuwe werelden te creëren door deze nauwkeurig te beschrijven. Gehn wil deze krachten gebruiken om zelf oppermachtig te worden. Maar anders dan zijn vader, voelt Atrus zich verantwoordelijk voor de mensen en de werelden die hij schept. Atrus roept de hulp in van Catherine om een wereld te redden die zijn vader tot de ondergang heeft gedoemd. Catherine en hij scheppen het eiland Myst als schuilplaats in de hoop daar veilig te zullen zijn voor de boosaardige Ghen.