Terug op Coruscant weigert de Jedi-raad Anakin op te laten leiden omdat hij te oud is en omdat ze bang zijn dat Anakin later naar de Duistere Kant zal overlopen. Ondertussen probeert koningin Amidala ervoor te zorgen dat de Senaat van de Galactische Republiek ervoor zal zorgen dat haar planeet bevrijd wordt. De zwakke kanselier Finis Valorum blijkt echter niet in staat om haar te steunen, waarop ze op aanraden van haar senator Palpatine een motie van wantrouwen tegen hem indient: er zal een nieuwe kanselier gekozen worden om de Senaat voor te zitten.
Omdat de procedures teveel tijd zullen kosten besluit koningin Amidala terug te keren naar Naboo. Daar sluit ze een verbond met de Gungans, een amfibisch ras dat in de meren van Naboo woont, om samen de planeet te heroveren op de handselfederatie. Qui-Gon en Obi-Wan worden meegestuurd omdat de Raad vermoedt dat Darth Maul dan weer ten tonele zal verschijnen. Tijdens een moeizaam gevecht weet men, met toevallige hulp van Anakin het droid-leger uit te schakelen. In het lichtzwaard-gevecht met Darth Maul raakt Qui-Gon dodelijk gewond, maar Obi-Wan verslaat de Sith Lord door hem door midden te hakken(nu valt Darth Maul in de stortkoker) en wordt hiermee officieel een Jedi. Vlak voor Qui-Gon zijn dood vraagt Qui-Gon aan Obi-Wan Anakin op te leiden tot een Jedi omdat Anakin volgens hem de legendarische Jedi zal zijn die weer balans in De Kracht zal brengen. Wanneer Yoda van Qui-Gons’ wens hoort, stemt hij met tegenzin toe. Anakin wordt aan Obi-Wan toegewezen als Obi-Wan's padawan.