In Duin Messias gaat het verhaal van Paul Muad’Dib verder. Aan het hoofd van zijn Vrijmanse Fedaykin werd hij Keizer van het hele bewoonde universum. Maar zijn overwinning heeft ingrijpende gevolgen gehad. Oorlog is naar het hele bekende universum gebracht en miljarden zijn al omgekomen.

Ondanks het feit dat hij de machtigste keizer in de geschiedenis is geworden is Paul niet bij machte om een einde te maken aan de gevechten. Om hem heen worden allerlei complotten gesmeed, zowel door openlijke vijanden als door mensen die hij vertrouwt…