Linus Baker leidt een rustig, maar saaie bestaan met zijn kat. Daar komt een einde aan als hij van het ministerie van Toezicht Magische Jeugd de opdracht krijgt om te onderzoeken of zes magische begaafde jongeren een gevaar opleveren voor de samenleving.
Deze zes jongeren, die in een weeshuis op het kleine eiland Maryas wonen, vormen een bont gezelschap dat bestaat uit de zesjarige antichrist Lucy; de meisjeskabouter Talia; Het gevleugelde draakje Theodore; de bosnimf Phee; de groene, kwalachtige Chauncery; en niet te vergeten de veertienjarige Sal, die een miraculeuze verandering ondergaat wanneer hij bang is of ergens van schrikt.
Arthur Parnassus, de directeur van het weeshuis, probeert te vuur en te zwaard sluiting te voorkomen --- ook al zal hij dan zijn eigen geheim moeten prijsgeven.
Linus verblijft een maand op het eiland. Wanneer hij gaandeweg zijn vooroordelen laat varen en een band opbouwt met de jongeren en met Arthur, komt hij voor een groot dilemma te staan.