Hoewel Gulliver na zijn laatste reis vastbesloten was thuis te blijven, trekt hij er opnieuw op uit, nu als kapitein. Deze keer krijgt hij te maken met muiterij. Hij wordt gevangengezet en uiteindelijk overboord gezet. Hij komt terecht in een land waar hij een smerig ras ontmoet van aapachtige gedegenereerde wezens die Yahoos worden genoemd. Zij bevuilen hem, maar vluchten bij de komst van een groep paarden, Houyhnhnms geheten, die de baas blijken te zijn op het eiland. Zij nemen aan dat Gulliver een Yahoo is, maar dan een met wat meer rede. Zij zijn zelf een zachtaardig en beschaafd ras. Gulliver wordt ondergebracht in de stal van een Houyhnhnm-familie en maakt kennis met hun dieet van melk, kruiden en haver. Hij weet ook kleding voor zichzelf te maken, maar de Houyhnhnms zijn erover verbaasd dat hij zich kleedt. Zij zien dit als een vorm van schaamte voor zijn inferieure voorkomen.
Gulliver beschrijft hun het leven in Engeland. Zij zijn er zeer verwonderd over dat zo’n kwaadaardig ras zichzelf kan beschouwen als de heren der schepping. Zij beschouwen woorden als een communicatiemiddel en niet als een middel om te liegen en bedriegen. Zij zijn ook verontwaardigd te vernemen dat paarden in Engeland als lastdieren worden gebruikt. Als Gulliver de verschrikkingen van de oorlog beschrijft is hij voorzichtiger dan tijdens zijn verblijf in Brobdingnag. Hij is het met de Houyhnhnms eens dat de mens een laag wezen is en voelt zich gelukkig in het gezelschap van de paarden. Zijn geluk is echter van korte duur. Het parlement komt tot de beslissing dat Gulliver niet meer is dan een Yahoo. Zij redeneren dat een intelligente Yahoo een bedreiging zou kunnen vormen voor hun beschaving. Tegen zijn wil wordt Gulliver gedwongen te vertrekken. Hij bouwt een kano en vaart weg. Een Portugees schip pikt hem op.
De vriendelijke en begripvolle kapitein probeert de misantropische Gulliver te tonen dat de mensheid niet zo slecht is als de Yahoos. Als Gulliver thuiskomt kan hij het echter niet opbrengen met mensen om te gaan en lange tijd verkeert hij alleen in het gezelschap van paarden. Gedurende de rest van zijn leven denkt hij met liefde en respect terug aan de wereld van de Houyhnhnms