Geboren in Ukkel, Brussel. Studeerde sociologie en filosofie aan de Katholieke Universiteit Leuven. Na zijn studies werkte hij als wetenschappelijk onderzoeker op het gebied van ruimtelijke ordening voor het Nationaal Fonds voor Wetenschappelijk onderzoek. Van 1978 tot 1993 was Van Istendael verslaggever en nieuwslezer bij het Vlaamse televisiejournaal en profileerde hij zich als kenner van de Belgische en Duitse geschiedenis en politiek. Sinds zeven jaar leeft hij als zelfstandig schrijver in Brussel. Van Istendael wordt gewaardeerd als vertaler van Duitse auteurs: Goethe, Heine, Brecht, Fried, Kahlau. Zijn vertaling van Top Dogs van U. Widmer werd in 1997 in een eerste Nederlandstalige opvoering gebracht in de Koninklijke Vlaamse Schouwburg in een regie van Franz Marijnen. Grote bekendheid kreeg Van Istendael als auteur van goed gedocumenteerde en niet het minst voor buitenlanders leerzame boeken over België en Brussel. In zijn veelgelezen boek Het Belgisch labyrint of De schoonheid der wanstaltigheid (1989) analyseert de schrijver op onovertroffen manier zijn geboorteland. Deze kroniek werd in het Hongaars en het Tsjechisch vertaald. Met dezelfde hartstocht en eruditie schetst Van Istendael en historisch, cultureel en stedenbouwkundig portret van Brussel in Arm Brussel (1992). Ook in Bekentenissen van een reactionair (1994), Anders is niet beter (1997) en Nieuwe uitbarstingen (1999) legt de essayist een grote polemische gedrevenheid aan de dag. Vlaamse sprookjes (1995) biedt een staalkaart van in Vlaanderen mondeling overgeleverde vertellingen.
Met Verhalen van het Heggeland (1991), maar vooral met Altrapsodie (1997) maakt Van Istendael naam als romancier. Altrapsodie, een novelle met het motto ‘du hättest beinah gelebt’ van Paul Celan, werd genomineerd voor de NCR-prijs en de ECI-prijs. Ook de poëzie van Van Istendael wordt goed ontvangen. De iguanodons van Bernissart. Een Belgisch gedicht verscheen in 1983 en werd in 1996 vertaald naar het Servokroatisch. In 1987 publiceerde de dichter zijn tweede bundel Plattegronden: een lyrische evocatie van Brussel en een beschouwing over de picturale kracht van de schilder James Ensor. Ook Het geduld van de dingen van 1996 bevat een cyclus over Brussel.