Geboren te Eppendorf, Saksen. Wordt tot de belangrijkste Duitse theatermakers, auteurs, dichters, regisseurs en intendanten van de twintigste eeuw gerekend. In 1947 trad Müller toe tot de SED en werkte vanaf 1950 voor Sonntag en vanaf 1953 voor Neue deutsche Literatur, twee culturele tijdschriften. In 1954 trouwde hij met Ingeborg Schwenkner (pseudoniem: Inge Müller, dichteres, 1925-1966 door zelfmoord). Vanaf 1954 werkte hij in het Deutsche Schriftstellerverband (DSV) en in 1957 werd hij redacteur van het tijdschrift Junge Kunst. In deze periode werd zijn eerste stuk 'Zehn Tage, die die Welt erschütterten' voor het eerst opgevoerd. In 1958 werd hij medewerker aan het Maxim Gorki-Theater in Berlijn en zelfstandig auteur. In hetzelfde jaar werden 'Der Lohndrücker' en 'Die Korrektur' voor het eerst opgevoerd. In 1959 kreeg hij de Heinrich-Mann-Preis. 'Die Umsiedlerin' werd in 1961 voor het eerste op de bühne gebracht en direct verboden. Müller werd uit de Schriftstellerverband uitgesloten. In 1964 schreef Müller dan 'Die Umsiedlerin' om (in 1976 enscenering). In 1965 werd Müller opnieuw door de SED bekritiseerd. De partij liet de opvoering van 'Der Bau' verbieden. In 1967 volgde de eerste opvoering van 'Ödipus Tyrann'. In hetzelfde jaar trouwde Müller met de Bulgaarse Ginka Tscholakowa. In 1970 werd Müller dramaturg aan het Berliner Ensemble. het in de DDR verboden stuk 'Mauser' werd in 1975 voor het eerst gespeeld in de Verenigde Staten en later, in 1980, in Keulen. 'Germania Tod in Berlin' werd voor het eerst in 1978 in de Münchner Kammerspiele gespeeld, in 1979. 'Die Hamletmaschine in Essen'. In 1982 werd 'Der Auftrag' in Bochum geënsceneerd. In 1984 werd Müller lid van de Akademie der Künste der DDR en kreeg in 1985 kreeg hij de Georg-Büchner-Preis, een van de belandgrijkste Duitse literaire prijzen. In 1986 werd hij lid van de Akademie der Künste West-Berlin en kreeg hij de Nationalpreis I. Klasse voor kunst en cultuur van de DDR. In 1988 werd Müller opnieuw in de DDR-Schriftstellerverband opgenomen. Op 4 november 1989 trad hij bij de grote demonstratie op de Alexanderplatz in Berlijn als spreker op. In 1990 werd het festival Experimenta in Frankfurt am Main te zijner ere ingericht. Hij werd president van de Akademie der Künste der DDR resp. de Akademie der Künste in Berlijn. In 1985 ontving hij de Georg-Büchner-Preis, in 1990 de Kleist-Preis en in 1991 de Europese Theaterpreis. Vanaf 1992 bekleedde hij een leidinggevende positie in het Berliner Ensemble, en in hetzelfde jaar trouwde hij met de jonge fotografe Brigitte Maria Mayer, met wie hij een dochter, Anna, kreeg. In 1993 ensceneerde Müller bij de Bayreuther Festspiele succesvol de opera 'Tristan und Isolde'. Zijn laatste enscenering was, geïnspireerd door zijn collega-intendant Peter Zadek, Brechts 'Arturo Ui', dat in juni 1995 met Martin Wuttke in de hoofdrol voor het eerst gespeeld werd. Hij woonde tot het einde van zijn leven samen met zijn vrouw Brigitte en hun dochter Anna in een omgebouwde fabrieketage in Berlin-Kreuzberg. Overleden te Berlijn aan de gevolgen van kanker. Zijn graf bevindt zich op het Dorotheenstädtischer Friedhof in Berlin-Mitte in de buurt van dat van zijn grote voorbeeld Bertolt Brecht. De sigarenliefhebber kreeg een kistje Montecristo-Havannas meegegeven in zijn laatste rustplaats.