Geboren te Poerworedjo, Midden-Java. Johannes Theodorus Toorop, was een van de belangrijkste Nederlandse beeldend kunstenaars uit de periode 1880-1910. Jan Toorops vader Christoffel Theodoor Toorop (Pekalongan, 3 december 1827 - Buitenzorg, 6 november 1887) was griffier bij de landraad Bagelen in Nederlands-Indië. Zijn moeder Maria Magdalena Cooke, geboren in Pasuruan op 21 juli 1837 en overleden in Buitenzorg op 2 juni 1892, was de dochter van de Engelse zeekapitein Edward Cooke en Maria Magdalena Wohlseifer, vermoedelijk van gemengde afkomst. In 1863 verhuisde de familie naar het eiland Banka waar zijn moeder geboren was; vader Toorop werd daar administrateur bij een tinmijn. De wilde en geheimzinnige natuur van het oerwoud op Banka, waarmee zijn vader hem liet kennismaken en het schaduwspel van wajang-poppen, waarmee in zijn jeugd de avond kon worden gevuld, lieten een blijvende indruk na. Deze ervaringen prikkelden zijn fantasie en inspireerden het spel van bewegende lijnen in zijn symbolische werken. Hij vermengde in zijn symboliek invloeden van het westen met die van het oosten. Jan Toorop had een donkere huidskleur en was van gemengde afkomst, een Indo in het toenmalig taalgebruik. Zijn exotische uiterlijk had een betoverende invloed op sommige van zijn bewonderaars, met name vrouwelijke, die hij vermaakte met verzonnen verhalen over de Javaanse aristocratie. Zijn onderhoudende en beminnelijke aard bezorgde hem gemakkelijk vrienden. Toorop was kosmopoliet maar bleef zijn Indische achtergrond trouw. Na anderhalf jaar school in Batavia vertrok Jan naar Nederland om daar een betere opleiding te krijgen, terwijl zijn familie achterbleef in Nederlands-Indië. In 1869 ging hij naar Leiden. Hij doorliep daar de eerste klassen van de Leidse HBS. In 1874 was hij op de HBS in Winterswijk. In 1875 volgde hij lessen bij Herman Johannes van der Weele in Den Haag. Daarna vertrok hij naar Delft waar hij van 1876 tot 1878 studeerde aan de Polytechnische school te Delft. Oorspronkelijk was zijn opvoeding op het commerciële gericht, maar zijn artistieke belangstelling bracht hem naar de Rijksakademie van Beeldende Kunsten te Amsterdam, van 1880 tot 1882, onder leiding van August Allebé, en toen naar de Academie in Brussel, bij Jean-François Portaels.
Zijn verblijf in 1883 te Brussel zou positief bepalend worden voor zijn kunstenaarsvorming. Te Machelen deelde hij een tijdlang een atelier met de symbolistische schilder William Degouve de Nuncques. Hij maakte kennis met de letterkundigen Emile Verhaeren en Maurice Maeterlinck en dompelde zich onder in het kunstzinnige avant-gardistische milieu, dat gedomineerd werd door James Ensor en Fernand Khnopff. In 1884 en 1885 maakte hij reizen naar Frankrijk en Engeland. Hij werd in 1885 al opgenomen als lid in de progressistische groep Les XX van Octave Maus. Met zijn vriend Ensor trok hij naar Parijs en kwam er onder indruk van het pointillisme van Georges Seurat en Paul Signac. Met Verhaeren reisde hij naar Londen in 1884 en 1886. Daar werd hij getroffen door het werk van de impressionist James McNeill Whistler. In 1886 trouwde hij met de twee jaar jongere uit Ierland afkomstige Annie Hall. In 1887 woonden zij kort in Amerongen, maar in 1888-1889 in Engeland. In 1890 introduceerde hij Johan Thorn Prikker in de Belgische kunstenaarsgroep Les XX.
In Nederland ontwikkelde Toorop zijn lineair idealisme in een religieus gerichte art-nouveaustijl, waarmee hij de richting van het symbolisme insloeg. In 1894 maakte hij een lithografie voor de NOF ter promotie van Delftsche Slaolie, waarin de jugendstil heel sterk tot uitdrukking kwam. Door de bekendheid van deze litho werd art nouveau in Nederland ook wel 'slaoliestijl' genoemd. Van 1890 tot 1892 en van 1899 tot 1904 woonde hij in Katwijk aan Zee. Hier maakte hij onder andere De Zee (Rijksmuseum Amsterdam). In Katwijk werd in 1891 zijn dochter Charley geboren. In 1902-1903 besteedde Toorop veel tijd aan zijn kunstwerken in de nieuwe Koopmansbeurs van Amsterdam, het Gesamtkunstwerk ontworpen door H.P. Berlage, tegenwoordig de Beurs van Berlage. Voor de hoofdingang van de Beurs ontwierp Toorop de drie grote tegeltableaus, 'Verleden, Heden en Toekomst'. Ook voor de Graanbeurszaal en de Effectenbeurszaal maakte hij tegeltableaus. Alle werken in de Beurs hebben ideële thema's zoals de emancipatie van vrouwen en de verheffing van arbeiders. Soms wordt een frappante spanning tussen deze symboliek en de kapitalistische functie van de Beurs geconstateerd. In het Beurs van Berlage Café in de oude hoofdingang aan het Beursplein is dit nog dagelijks te ervaren.
In het eind van de 19e eeuw (in 1897) woonde Toorop in een klein huisje op de Markt in Domburg, op Walcheren. Hij werkte samen met een groep bevriende schilders, onder wie Marinus Zwart, Piet Mondriaan, Jacoba van Heemskerck en Willem Vaarzon Morel. Van een gezamenlijk streven of een gemeenschappelijke stijl was geen sprake. Ieder volgde zijn individuele persoonlijkheid, maar wel zochten ze hun inspiratie onder het Zeeuwse Licht, in het duinlandschap, de bossen en de karakteristieke Zeeuwse bevolking. Toorop was er het middelpunt van. Hij bleef Domburg twintig jaar lang regelmatig bezoeken.
Na Domburg woonde de familie van 1904 tot 1907 in Amsterdam en daar schilderde hij landschappen en portretten in een forsere stijl. Toorop werd er voorzitter van de Moderne Kunstkring. In deze periode bekeerde hij zich tot het rooms-katholieke geloof. De jaren daarna zou hij steeds meer last krijgen van zijn linkerbeen, zodat het lopen hem moeilijk ging vallen. Toorop woonde op verschillende adressen in Den Haag, maar verhuisde in 1908 naar Nijmegen (tot 1916) waar hij veel van zijn religieus werk vervaardigde. Hij maakte er kennis met de dichteres Miek Janssen die een belangrijke rol in zijn leven ging spelen. Daarna ging hij weer terug naar Den Haag. De lichamelijke ongemakken speelden er steeds meer op, zodat hij in een invalidenwagen moest rijden.
Hij was de vader van Charley Toorop, grootvader van de kunstenaar Edgar Fernhout en de cineast John Fernhout en overgrootvader van Rik Fernhout.
Overleden te Den Haag, Zuid-Holland. Hij werd te ruste gelegd op de katholieke begraafplaats Sint Petrus Banden aan de Kerkhoflaan. Het graf is ontworpen door de architect A.J. Kropholler.
