De handelsfederatie heeft de planeet Naboo geblokkeerd in de hoop een handelsconflict in haar voordeel te kunnen beslechten. De senaat stuurt twee Jedi-ridders, Jedi-meester Qui-Gon Jinn en zijn padawan Obi-Wan Kenobi, om te onderhandelen. De handelsfederatie probeert hen echter te doden en zet een invasie van Naboo ingang, onder druk van het brein achter de blokkade: de mysterieuze Sith Lord Darth Sidious. Amidala, de koningin van de mensen op Naboo, probeert samen met Qui-Gon en Obi-Wan te ontsnappen, maar een defecte hyperdrive dwingt hen op de planeet Tatooine te landen. Darth Sidious stuurt zijn leerling Darth Maul (Khameir Sarin) achter hen aan, die hen door middel van een handige truc snel op het spoor komt.
Op Tatooine ontmoeten Qui-Gon en de anderen de negenjarige Anakin Skywalker. Anakin blijkt ondanks zijn jonge leeftijd een genie op het gebied van mechanica. Zo heeft hij zelf een robot gemaakt genaamd C-3PO. Qui-Gon, die waarneemt dat Anakin een extreem hoog Jedi-potentieel heeft, wil hem graag meenemen. Anakin is echter een slaaf in dienst van Watto, een handelaar in ruimteschiponderdelen. Door Anakin mee te laten doen aan de jaarlijkse podrace en met Watto te wedden op de uitslag, wint Qui-Gon zowel Anakins’ vrijheid als een nieuwe hyperdrive voor zijn schip. Vlak voor ze Tatooine verlaten worden ze aangevallen door Darth Maul, maar Qui-Gon kan de aanval afslaan.